Avatar raconte l'histoire de Jake Sully, un ancien marine paraplégique rejoignant un programme du nom de Programme Avatar. Son but est de gagner la confiance des Omaticayas, un clan Na'vi de la planète Pandora afin de les faire partir et ainsi de permettre aux hommes de récolter en masse un minerai inestimable. Il est aidé pour cela de son Avatar, un clone regroupant de l'ADN humain et de l'ADN Na'vi afin de ressembler aux Na'vi et de pouvoir respirer convenablement l'air de Pandora. Jake rejoint le clan des Omaticayas et tombe rapidement amoureux de l'environnement et des coutumes de sa nouvelle planète, ainsi que de Neytiri, la princesse du clan. Rongé par le remords, il fera tout pour conserver l'équilibre de cette planète, quitte à lutter contre les hommes, ses anciens alliés...